La Rectoría es una dependencia de la Universidad Francisco de Paula Santander a cargo del rector, quien es el representante legal y la primera autoridad ejecutiva de la institución; en tal carácter y en el ámbito de su competencia, es responsable de la gestión académica y administrativa, es quien debe adoptar las decisiones necesarias para el desarrollo y buen funcionamiento de la Institución.

De acuerdo a lo dispuesto en el artículo 26 del Estatuto General universitario de 1994, está constituida por:

• Rector.
• Seccionales.
• Vicerrectoría Académica.
• Vicerrectoría Administrativa.
• Vicerrectoría de Bienestar Universitario.
• Oficina de Planeación.
• Oficina de Información y Divulgación.

Según acuerdo al Artículo 38 del Estatuto General universitario de 1994, las funciones del Rector son las siguientes:

1. Cumplír y hacer cumplír las normas legales, estatutarias y reglamentarias vigentes.
2. Evaluar y controlar el funcionamiento general de la Universidad e informar al Consejo Superior Universitario.
3. Ejecutar las decisiones del Consejo Superior Universitario.
4. Suscribir los contratos y expedir los actos que sean necesarios para el cumplimiento de los objetivos de la Universidad, ateniéndose a las disposiciones legales vigentes.
5. Someter el proyecto de presupuesto a consideración del Consejo Superior Universitario y ejecutarlo una vez expedido.
6. Con arreglo a las disposiciones pertinentes nombrar y remover el personal de la Universidad.
7. Designar Decanos encargados por un período no mayor a noventa (90) días, mientras se convoca la elección del tirular por el resto del período.
8. Expedir los manuales de funciones y requisitos de procedimientos administrativos.
9. Aplicar las sanciones disciplinarias que le corresponden por Ley o reglamento.
10. Convocar las elecciones de los miembros que de conformidad con las normas estatutarias hacen parte de las diferentes corporaciones representativas de la Universidad, de acuerdo, con el reglamento que se establezca.
11. Presentar al Consejo Superior Universitario el Proyecto del Plan General de Desarrollo y del sistema de autoevaluación, previo concepto de los antes involucrados en su formulación y ejecución.
12. Las demás que le señalen las disposiciones vigentes y las que no están expresamente atribuidas a otra autoridad.